小３の息子が、最近朝起きず学校を休みたがる、宿題をなかなかしない、習い事も行きたくない、休むと言います。 理由を聞いても、家で寝ていたい、大変、疲れると言いま

とりあえず習い事はやめたらどうですか。行きたくないものを無理やり行かせても伸びないし親への恨みが募るばかりですよ。
習い事はやめていいし宿題もしなくていいから学校だけは行こうとか。
不登校っていじめとかの確かな原因がない場合も多いらしいです。理由はないけど無気力とか、家庭環境が悪いとか。「育て方が悪かった」決めつけるあたりがちょっと危うく感じます。

宿題はしなくてもいいんですよ。あんまり意味ないというデータもあったはず。できるものをいくらやっても何か身についたことにはならないし、わからないことを一人で考えてもわかるようにはならないとかで。宿題一度もしたことないとか不登校だったけど東大行きましたみたいな人もいるし、宿題真面目にしてきたけど全く学力伸びなかった人だってたーくさんいます。

何より大事なのは心です。何も言わずに休みたいだけ休ませたらそのうち行くようになるかもしれませんよ。過干渉は悪手。