顔に5mm以上の大きい盛り上がったほくろがあります。 内科で聞いたら、恐らく良性でレーザーではとれず、切除になりそうです。 普通の市立病院の皮膚科でとるか、

市立病院の皮膚科の執刀医の実績次第でしょうか。
一般の病院でも、経験の多い意志であれば跡になりにくいように切除することは可能ですし、実際あまり経験のない美容外科より日常的に対応している皮膚科のほうが上手な場合もあります。

そのあたりに差がなかったり、あまり市立病院の医師に実績がないようなら、美容についての知見のある形成外科のほうがやはり仕上がりなどへの配慮のコツは知ってるでしょうから、そちらのほうを選ぶでしょうね。