店長が犯人だった‼‼

普通に考えて、店員たちが誤算分の補填をしたという証明ができなければ無理でしょう。
オーナーに直接かけあって「証拠はあるのか」と言われたらどうします？

それに、そういった仕事はローテーションなので、常に同じメンバーが毎日レジにいるわけではなく、誤算も日によって違うのだから皆が同じ額を払っているわけではない。
誰が幾ら出したのか正確にわからないと、今度は店員同士でトラブルになる。
「全額を皆で平等に分けましょう」と思っているなら、甘い。