はい。と言うけど理解出来てない

分からなかった時には、「はい。でもここの意味が分からないのでもう一度説明をお願いします」とか言えば良いんでは？

「はい」と言う言葉は「理解した」「分かった」場合にだけ使う訳ではなくて、呼応「はい(聞こえました)」の場合にも使いますんで。
名前を呼ばれたら「はい」って返事するのと同じです。

だから、何か言われて分からなかったら「はい」←(聞こえました)「ですが分かりません」←(否定)を入れ説明や重複をお願いすれば良いだけです。

例えば電話で「お名前は？」→「○○です。」→「はい、申し訳ありません、電話が遠く聞き取れなかったのでもう一度お願いします。」とか、よくありますよね？
それと同じです。

分からないのに「はい」だけで終わらせちゃったらそれは「はい(分かりました)」と解釈されてしまいます。

私自身威圧的に「はい(分かりました)」を強よされ育ったので、「はい」の後に否定を入れるのは時間は掛かりましたが、必要なことだと思いますので頑張ってみて下さい。

私は自分の子ども達に、聞こえたら返事しなさいと育てていますが、必要に応じて、その「はい」は「分かりました」なのか「分からない」「分かりたくない」なのか伝えなさいと加えています。
下らない話ですが、ご飯だよ、手伝って～と言ったら、は～い！と返事はするがなかなか部屋から出てこない場合。
だって宿題の区切りまでやりたかったんだもん、なんて言います。だったら「は～い！今宿題してるからちょっと待って」と加えないと分からないよ、と言った感じです。