飲食店で働いてます。今日、1歳半頃、3歳から4歳の子供を連れた夫婦が来店されました。来店されたと同時に、持ち込みのパンとカルピスをテーブルに

店としては、どういう方針なのか示す必要があると思います。
完全に持ち込みをシャットアウトしたいなら、店の前や席のところにそう書くべきです。
そうじゃないと前回の時は店員に言って食べさせても良いと言われたので、次のときは何も言わずに食べさせたけど大丈夫だった。ところが今回も大丈夫だと思って食べさせたら、注意されてしまった。 というようなことになってしまうからです。

あとは、持ち込みを減らしたいなら、小さな子ども用のキッズドリンクやちょっとした安めのデザートやお菓子などを販売するとかすれば、持ち込みを減らせるかと思います。

でも店長があまり乗り気じゃないなら、次回はそういう客があっても見ないふりでよいのでは？

あまり主さんが正義感振りかざして客に接してしまうと、来客が減って店舗としてはマイナスだと思いますよ。