年少次男がインフルエンザに罹りました。その3日後の金曜日に長男が小学校で37.9度の熱を出し、咳も酷かったので早退、受診したところインフル陰性。 しかし次男が

鼻やのどの粘膜を、綿棒みたいなので採取した検査ですか？
でしたら陰性になることもあります。
私も陰性ですが、状況考えるとインフルエンザだと診断されたことがあります。
お子様がインフルエンザかは医師の判断ですが、可能性は高そうですね。
ただ、クラスで流行した原因が、お子様とは限りません。
それこそ、お休みした子の中に、無理して出てきていた子が居たかもしれません。