好き避けをしてしまった上司に謝りたいです。 上司も少しは好意を持ってくれていたのか？ 明らかに態度が優しかったり、話しかけてくれたりする事がありました。

明らかに優しいとか話しかけるとか…
大人しい部下ともコミュニケーションをとろうと言うものではなく、明らかに恋愛的なものを感じたということでしょうか？

普通にしていれば良いのでは？
と思いますが。
謝るにしても
私、あなたが好きで好き避けしてしまいました！と言うのですか？
それだったら、もうふつうに告白しちゃった方が良いと思います。
大人の女性から好き避けを謝られても、自分だったら微妙です。