定年間近な管理職おやじです。 部下にあたる準社員の女性から相談を受けていました、彼女は離婚歴があり高校生の娘さんと公営住宅に住んでおり在職期間は約10年になり

善意での行動なのですよね？
冷たい表現になってしまいますが、部下は所謂「他人」です。お金を貸したり自宅に泊まって看病したり、「他人」に対してその様な行動を起こせる貴方はとても慈愛に満ちた方なのかもしれませんね。戻ってくる保証のないお金を貸すだなんて、私には出来ないです。
主さんはきっと、経済的にも精神的にも余裕のある暮らしをされてるのでしょう。
部下の方との距離が近い様な気がしなくもありませんが男性と女性では感覚が違うものですし、善意での行動なのですから自信を持って奥様にご説明してみてはいかがでしょうか？
疚しい気持ちがないのであれば、きっと奥様も理解してくれると思いますよ！





って言えば満足いただけるかしら？
善意での行動・疚しい気持ちはない。
ならば、貴方の部下に対しての行動は「上司」としてなのかそれとも「男性」としてなのか...どちらでしょうか？

「上司」としてなら時間外労働ですよ。彼女に対しての貸した金額は経費として精算処理しなければなりませんし、時間外勤務の申請もしなくてはね。
彼女に貸した金額の勘定科目は...その他立替金にでもしましょうか。

「男性」としてなら不倫と思われても仕方がないですよ。業務時間が終わればお互い他人。他人に対して何故そこまで親切になれるのかしら？
善意で行動してるのならば、彼女よりも経済援助が必要な方々は沢山いるのだからその方々に資金援助なさい。