中身がイケメンだねと言われたら傷つきますか？ある人に言ったら外見はダメなのか？と言われてしまいました。私はかわいいねと言われたらどう反応していいかわからなくて困

人によっては裏を読みすぎて悪口や嫌味に聞こてしまうことがあるでしょうね。
「中身がイケメンだね！」って言い方と「性格が凄く良くてかっこいいよ！」という言い方、どっちが聞いて気持ちいいのかの問題だよ
答えは後者だね。
人によっては、貴方が褒めてても前者は嫌味に聞える。「は」って？「は」ってなんだよ( •᷄ὤ•᷅)！？
みたいな感じだよ。その人にとって、余計な言葉に聞こえてしまったのだよ。
言い方の問題