性別に違和感がある中学二年生です。あともう少しで担任の先生との二者面談があります。その二者面談の時に自分自身の性別違和感のことをしっかりと話した方が良いでしょう

その先生は信頼できますか？
あなたのその告白をきちんと受け止めてくれそう？
もし少しでも心配なら留保して、よく考えた上で慎重にね。

ご両親には話してないのですか？
性同一性障害については昔に比べて随分と周知もされ理解も進んだけど、できればご両親の理解を得られた方が高校進学を前にした今、あなたにとってもいいと思うのです。
学校に話すとなれば、なおさらです。
担任の先生もご両親と話をしたがるでしょう。
そしてお父さん、お母さんの希望も聞いた上で、学校での過ごし方や周囲へのカミングアウトなど、どうするべきか相談していくのではないでしょうか？

あなたのこれからの人生に大きな影響のあることだから、慎重にね。