給料明細と通帳に入ってる金額が違っていて会社で聞くと振り込む時手数料がかかってると言われましたがそれって給料詐称と思ったのは私だけでしょうか？それとも普通の事で

賃金全額払いに違反しています。
そもそも振り込みでの給与支払いはどの会社でも当然のように行われていますが、使用者と労働者の合意の上でのみ許可される特例です。

手数料が取られるが指定口座以外の振り込みもできる。同意しますか？という内容で入社時にお互い合意したのであればそれは問題無いと思います。しかし、そのような説明がなかったのであれば違法ですね。