ふざけて死ねとかウザイとかSNSに書き込んで、相手が本当に死んでしまって垢消しやアプリ自体を消したとしても証拠って残るものなんですか？

通常のインターネットでは当人のPCやスマホから削除しても、掲示板等のコメントが表面上見えなくなっても、サーバー内に履歴は残るので実際のところ証拠は消せません。

事件性がある場合、警察が調べればすぐ証拠として見つかります。

ただインターネットにもアンダーグラウンドに繋がってるヤバいサーバーもあるので、そちらのネットなら履歴は残らないと思います。