友達が車中泊にはじめて挑戦して、それで思わず「車中泊も羨ましいけど、車で自由に行動できることが羨ましい」っていったら友達に「嫌味ですか」って言われてしまいました

私は全然嫌味に聞こえませんけど。

でも斜め上の想像力を働かせる人間なら
「車椅子の人が自由に行動できる自分を羨ましいと言ってきた」→「自分を羨んでる」→「僻んでる」→「嫌味なんだな」
ってなるのかもしれません。全然理解できないけど。

その人はちょっと偏見のある人なのかなと思います。
障害のある方を自分より不幸な人だと決めつけてる人間は「こいつ俺が羨ましいんだな、自分にできないことをやってる人に僻んでるんだな」と思うのかも。
あくまで想像なのでなんとも言えないですが。

とはいえ予期せぬ食い違いがあるかも（これが面と向かって言葉を交わしたのではなくメールやラインなどでの文章だけのやり取りだった場合はちゃんと伝わらないことがある）なので
「え？何で？」と聞いてみては？
それで人間性がよろしく無い答えが返ってきたら関係を切ればいいと思います。