モヤっとした気持ちを吐かせてください。長文失礼します。 私は派遣で働いており、派遣先は取引先からの戴き物が多いため、ありがたい事によくお菓子等を配っていた

派遣で色々な企業に行っていると、会社の中の常識や習慣って様々です。

企業の規模に関係なく派遣社員を大事にする会社もあれば、あからさまに差別的に扱う会社もあります。

主さんの会社は派遣は遠慮するのが当然という考えが根付いている会社（上司）だったのでしょう。

不満そうな顔をされたら
「あれ、私が戴いたらダメでしたか？」
と言えたらいいけど、普段から気配りされている主さんだから何も言えなかったのでしょうね。

一度嫌な思いをしたなら、その会社では今後は差し入れには派遣はカウントされていないものだと思っておいた方が無難かも。