今日で退職で3日分の給料とあとは有給休暇にしたんですが社長とは直接有給休暇で休むことになってて上司は知らないのか3日分の給料明細と他をもろもろ送ると言ってますが

今月3日間出勤し、残りの有給消化し終わっての今日退職ですか？
それならば3日＋有給日数分の給与が支払われます。
有給取得は労働者の権利なので行使する事に対して合理的な理由がなければ会社は拒否できません。

上司が理解してるかどうか置いといて、給与については経理が行うので、経理から渡された書類を上司が間に入って主さんに渡すだけだと思いますよ。