中学2年の子供がいます。 正式にはカミングアウトされていなかったのですが、実質私も親しくしているお隣も息子ではあるのですが、性自認が女の子だろうな という事

とても難しいけれども、本人と親がそれでよしであれば、性転換が望ましいのでは？それをしていい年齢なのかわからないけれど。
不安に思う事はないのでは？どこから見ても女子。物心ついた時からはじめからであれば、ほぼ確定ではないかな？と思います、娘さん(ムスコさん)がずっと女の子のように周りと関わり過ごしてきたのなら、逆に今さら男の子にはなれないんじゃないかな？とも思えますが。

あとは本人と、他の家族や親戚、彼女(ムスコさん)のお友達とよく話をして彼女にとって一番いい方法を考える。のがいいと思います。