WEB制作をしております。会社に所属はしているのですがフリーランスといった形で完全歩合制です。 先日、社長の知り合いにホームページ作成を依頼されましたが、

元フリーランスでweb仕事してたので気持ちはわかりますが。

主さんがフリーランスとして起業していて、その会社から業務委託を受けてるだけなら、受けなければ良いだけですよね？
私ならそんな仕事は受けません

主さんの場合、会社に所属してるフリーランスではなく、歩合制の会社員ではないのかな？
もし社員として雇用契約していて、固定給0なら、その会社が違法です
高額商品を扱う会社なんかで、固定給がすごく安くて歩合で沢山稼げるような雇用の仕方ってありますけど、安くても固定給はあります
ない会社なら労基に相談するか、辞めた方が良いと思います