旦那と別居しており、何年も会っておらず旦那とは連絡も取っていません。義母とは連絡取ってます、親戚の葬儀に参列した方が良いのか教えてください。

色んなケースがあるので、正解はありません。
私なら、お世話になってた親族なら(自分の状況に関わらず個人の感情として)参列します。
参列しないなら弔電だけ送って、戸籍上の義理立てはします。

あとは、参列しないことで、喪家との関わりはないこととしたい「離婚前提の別居」と受け取る親族は多いと思います。
なぜ何年もその状態なのかわかりませんが、主さんの別居の意味がそうであれば、問題ないと思います。