最近　バイトの男子大学生が自分の都合で休みすぎです。　理由はお客様からクレームを名指しで投稿されて、その投稿された曜日を理由つけて、休むようになりました。

学生アルバイトなので、そんなもんです。
4さんの仰る通りです。
面談でもして、この先どうしたいのか、このままで良いのか、周りの人達の事など、話し合う時間があるのであれば、話し合っても良いかとは思いますが、その子が居なくなると仕事が回らない、というのも問題かと思います。
学生アルバイトからそのまま就職でも無さそうですよね？
現状をそれとなく伝えてみても良いのかな、と思います。
勘の良い子なら察して辞めるか、素直な子ならもともとトラブルは起こさないように努力するとは思います。
お互いの成長になる方向を探りましょう。