いじめられっ子だった息子は、長い年月いじめに遭い、次第に男の子達から離れて女の子達と話すようになりました。 不登校や自傷を経て、精神科で性同一性障害の可能性を

まだ結論を急がなくていいと思います。
ほかならぬ本人が「どちらでもない」と感じているのに周囲の人間が客観証拠をかき集めて「こうだろ」と決めつけてはいけないと思います。

主さんや医師が今決めなくても、本人が成長すれば自然にどちらか判明すると思います。
今まで通りでいいと思うし、本人が今女子といて楽しいならそうさせてあげればいいと思います。
自分の性別について、自覚がないのに「病院のお医者さんがこういったから僕はこうなんだ」と納得できる人間なんて大人でもいないと思います。