ストーカーをスタンガンで撃退したら逮捕されますか？

ボルト数にもよりますが「相手に怪我を負わせると過剰防衛」になります（個人的にはこの過剰防衛ってクソだなと思いますけどね）
過剰防衛で補導される場合は（相手が被害届出すかによりますが）あります。ただ、相手もストーカー行為を働いてるので補導で終わると思います。

なんにせよまず警察に相談を。スタンガンは一応持っていてもいいでしょう。当たり前ですが乱用はいけませんよ。なんでもない人に使ったら傷害罪ですからね。