このバイトの辞めかたは迷惑ですか？ 実際は進路の関係で4か月半しか勤務できないのに、長期(3か月以上)の枠で雇われており、おそらく店長からは進学後も続ける

迷惑かける辞め方です。
そして、自分の中にも黒いものが残ってしまう辞め方です。

前から４ヶ月半と決まっていたことは、店長の気持ち的には、隠しておくといいです。
でも、進路の都合で続けられない事になってしまったと、なるべく早い段階で伝えるのがいいです。続けたかったのですが､､､と。

嘘も方便の方がいい部分と、本当のことを伝えるのがいい部分を間違えないように。
スレのような嘘で辞めたらきっとこの先、主さんの心の中にちょっと思い出したくないような事が、ずっと住み続けると思います。

早めに伝えましょう。頑張れ。