母が再婚しました。 結構年の離れた妹が出来まして。 僕が16で小5、11歳です。 元々人懐っこい娘らしく、僕にも直ぐに懐いてくれたし母にも同じなので

二年以上ってことは遅くても3年生からですよね？
ひどい言い方をすれば、もし小3の子を夜寝るまで家でひとりきりにさせていたのなら、それは育児放棄という虐待だと思います。
お父さんも一生懸命だったのでしょうから悪くはいいたくありませんが、自立心が芽生えるべき大切な時期にコミュニケーションを怠ってしまったのではないでしょうか。
懐っこいというより大人との距離感が異常に近い、育児放棄を受けた子特有の特性に見える…。
一般的な小5女子の割に幼く見えるのは、その心の傷のせいかもしれません。

ほかの方もおっしゃるとおり、主さんもおわかりのとおり
一緒に寝るとかお風呂に入るとかはやめたほうがいいけど、もし可能なら眠りにつくまで妹さんの部屋で、本でも読んであげたらいいかも。