友人関係のことで悩まされています 私は中学3年生で私立に通っているんですが、同じく受験した仲間に好きな男の子がいました でも実はその子トランスジェンダーで

>このまま黙っておいた方が良いんですかね？
異性として好きでしたと告白しない方が良いですか？の意味で良いでしょうか。

主さんが恋人になることを望んでいないのであれば告白する必要性がありません。
恋愛対象としての可能性の確認がしたいならして良いです。ただし良い結果は期待しないことが必要です。

今後とも恋愛関係を望まず友人として接したいのであれば、逆の立場で考えてみてください。
まったく恋愛対象と思っていなかった友人から「好きでした。今は友達と思ってます」と言われたら、戸惑いませんか。

黙っていることが嘘をついているような気持ちになっているかもしれませんが、相手を戸惑わせるだけで友情が深まるでもないことを率先してやることはあまりおすすめしません。