友達から教えてもらったのですが、全く話したこともない男子が「俺、○○（私）さんにたぶん嫌われてるんだよねー。」と言っていたそうです。 　びっくりしました。お

その男の子が繊細か、思い込みが激しい子かもしれません。
できることは以下いずれかかと思います。
・今の時点で教えてきた友達経由で誤解であることを伝える。
・同じクラスになったら特別な話はしないが、まわりと同じように接する。
・同じクラスになったら、「そういえば以前こんな話を聞いたけど誤解だよ」と直接言う。

また嫌な話で申し訳ないのですが、その男子が思い込み激しいタイプだと面倒くさいことになる可能性があるのと、教えてきた友達のタチが悪い可能性がありますので、普通に生活しつつ気持ちのうえでは若干警戒した方が安全だと思います。