昨日、水道水を沸騰させたあとに2Lのペットボトルの中に入れて冷蔵庫で保管したのですが、それを今日飲んだら衛生的に大丈夫でしょうか？

水よりも他の食材が悪くなるよ？

沸騰したお湯が入った水をそのまま冷蔵庫に入れたら、輻射熱の影響で付近の食材が常温に近い状態になる。
食材に付着してる菌類は、一定の温度以上になると爆発的に増殖するものもあるからね。

冷蔵庫の中で冷やされてる時は、菌は死んでるんじゃなくて眠ってる状態。
多少の数なら人体に影響が無いものでも、増殖したら影響が出るものも多いから注意が必要だよ。