不登校にさせてしまってもいいのでしょうか？

息子さん、万引きを強要されたわけでは無いのですか？確かにしたことは許されることでは無いですが、その友だちはどんな子なんでしょうか？

私なら、万引きした物を持ち、息子をその店に連れて行き、ささいな金額の物であっても、親子で詫びてお金を払って来ます。

そして、学校でこれ見よがしに、その友だちの前で『お前と一緒に行ってチョンボッた物、母ちゃんと謝りに行って、お金払って来たよ。俺も悪いことしたと思ってるけど、お前も汚いよな』って言ってやれ！と伝えます。

人間だから魔が差すことも過ちもあるけど、尻を拭うことを教えて、立ち直らせるのが親としての務めじゃないでしょうか？

周りにつられて無視した子もそのくらいの年齢なら、対処したことを知れば、変わると思いますよ。
息子さんだって、気持ちがスッキリしますよ。盗んだままじゃ、友だちにはめられ裏切られた気持ちと屈辱感を訴えることも出来ないからね。

してしまったことを処理すれば、きっと気持ちよく学校に行けると思いますよ。