不登校にさせてしまってもいいのでしょうか？

私なら学校に行かせません。自業自得ではないです。
確かに万引きはダメですが友達は卑怯です。息子さんが今辛い状況で友達から裏切られたって思ってるのではないでしょうか？
相手の親にも話をし、学校側にも親を挟んで話をするべきだと思います。
先生も信用を取り戻せば…って言ってたみたいですが信用をなくしたのは息子さんです。まわりはその友達が言いふらした事でからかい無視をしてるんだと思います。
今回は万引きはいけませんがクラスの人達に先生がちゃんというべきです。