バイト辞める人への最後のメッセージこれでいいですか？ 長い間お疲れ様でした…

当たり障りないメッセージを目指しているならその文章で十分かと思いますが、当たり障りがなさすぎて特に感情が感じられないのは感じられないです。
何かその人との間に具体的なエピソードがあるなら、それを付け加えてもいいかもしれません。
（些細なことで大丈夫です。例えば、”いつもお昼ご飯のときに楽しい話を聞かせてくれましたね”とか”いつもコンビニでシャケのおにぎり買ってましたね笑”とか、別になんでもいいと思います）
具体的なことを一つ入れるだけで、ちゃんと主さんとの思い出を、相手にも思い出してもらいやすくなると思います。

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>バイト辞める人への最後のメッセージこれでいいですか？

同じような事が２回書いてあるのは、どちらが良いのかという意味ですか？

それぞれで考えても似たような事の繰り返しが多く感じました。

①長い間お疲れ様でした。お教えいただいたこと、お世話になったことをはじめ、色々思い出されます。これからも、益々のご活躍をお祈りいたします。
お世話になるという中に、教えてもらう事も含まれるのではないでしょうか。
教えてもらう以外にお世話になったことがあるのであれば、具体的にそれを挙げたら良いと思いました。

「お教えいただいた」という表現は、他の表現とのバランスを考えると過剰に丁寧に思います。
「教えていただいた」とするのが妥当ではないでしょうか。


②長きに渡り、コンビニにご尽力いただき、大変お疲れ様でございました。いつも絶えず、温かいご指導を賜りましたこと、バイト仲間一同、感謝申し上げます。

「コンビニにご尽力いただき」に違和感がありました。
経営者ではないのに、コンビニ＝経営者側 のために尽力したことに「いただき」と感謝の意を含めるのは違うように思います。
「ご尽力され」と謙譲する表現にされたほうがよろしいかと。
全体的に丁寧な表現を使おうとしているにも関わらず、「バイト」と使うのは不適切です。略さずに「アルバイト」としましょう。

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いや、
かしこまらなくて良くないかな？

今までお疲れ様でしたね！
ありがとうございました！
遊びに来たっていいのよ！
また、
戻ってきても良いよ( ｀・∀・´)ﾉﾖﾛｼｸ
まってるぜ！☺
ってなフレンドリーな感じでも。
まっ、辞め方次第だけど・・・

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