USB差してデバイスとして認識されたらそのデバイスのアイコンで右クリックしてスキャンの項目を選択するとか、差した時に表示されるそのメッセージからスキャンウィザードに移行できるかもしれない

OSが何か書いてないからどのやり方が正解になるか分からんけど

安全な取り外しをしてないならデータ破損してるかもしれないから、修復しても失われるデータはあるかもしれない

>> 1 USB差してデバイスとして認識されたらそのデバイスのアイコンで右クリックしてスキャンの項目を選択するとか、差した時に表示されるそのメッセージ… Windows10だったと思います。スキャンとは全て消すというイメージでしょうか？
またUSBに入ってたデータが違うフォルダーに勝手に移動してしまうという誤作動等はありますか？
パソコン上のファイルの名前を検索してもヒットしなかったので移動していないということで大丈夫なのでしょうか？

>> 2 安全な取り外しをしてないならデータ破損してるかもしれないから、修復しても失われるデータはあるかもしれない ありがとうございます。確かに安全な取り出しはしていなかったです。USBが破損した場合、徐々にファイルが消えていってしまうのでしょうか？よく分からないのが残っているファイルもあれば完全に無くなってるファイルもあって。

スキャン→修復
という流れですが、修復できないファイルもあります
修復できなかったファイルは、消すというわけではなく読み込みできないままになるということです
断片が残っていてファイルは表示されるけど開けない、という場合もあります

USBでもSDカードでもHDDでもSSDでも、接続してるメディアは基本的に正しい取り外しをしないと、ファイルが破損し易く、次回接続した時に「修復してください」ってなりますね

正しい取り外しをしなければ、それを繰り返すたびにデータが破損することがありますし、破損した領域を修復できずに、使用できる領域がどんどん減ることもあります

最悪、読み込みもできなくなりますよ

たぶん、SDカードが破損しています。
読みこめている今のうちに
新しいSDカードを買ってきてデータを移動したほうが良いです。

取り外す時は安全に取り出す等やらなくても、基本は問題ないです。
読み込みの途中とかでない限り、ぶち抜いても特に影響はないです。