退職の時にお菓子を渡す時に、包装してないのは失礼でしょうか？

大丈夫です。
私は退職の時、うまい棒を1本づつ10人にそのまま配りました。

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そもそも選別品を渡さなければいけないルールなんてありません。
自己満でする人もいれば、形だけする人もいるし、もらう側もいちいちお返ししません。
そもそも誰の残した茶菓子かも不明なまま、食べてる人もいますから笑
職場に特に強い思い入れのない人が特に世話になった人も世話した人もいないのに渡す必要性や義理を感じません。
それら以外の個別による強い思い入れのある人に贈る選別品ならしっかりした包装がついたものが良いでしょう。

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個包装ということですかね？それとも熨斗みたいなもの？
うちの会社は全員がその日帰社すると限らないので、机に配るなら個包装は必須です

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