研究職を目指すのであれば、国公立大の方が良いです。
学生数が少ないので、勉強や研究する環境が良いです。
先生や研究室仲間と親密になりやすいですからね。
大学院以降は、基本的にはコネみたいな感じになってきます。
だから、少数精鋭って感じの環境の国公立大はやっぱり良いですよ。
少しぐらいだったら、落としても良いと思います。
例えば、関東住みで早慶受かってるのにわざわざ地方国立大に行く意味はないですが、関東圏の国公立大であれば、絶対とは言えないですが、検討する価値はあるかもです。