あなたが主催して出席者を招待する会なら、その人を招待しないという方向はあります。
謝恩会の主催は、誰ですか？
クラスとしての催しなら、主さんの独断で誰かを誘わないということは通らないと思います。

そりゃだめでしょ。クラス単位なら。

謝恩会のお知らせは皆んなにする、だけでは…。虐めたい・差別したいという気持ちは一切ない、なら通知する。
参加するかどうかは呼びたくないとする人自身の判断ですからね…
当日の場が心配かな…主さんは普段道りに過ごすれるのでしょ、呼びたくない人が参加して何かあってもできたら対応出来る人をお願いしておく、先生の謝恩会が盛り上がるように…

>> 2 主催は卒業生全員、先生を見送る謝恩会です。なので先生がメインであると私は認識しています。その先生が1人だけ捌けて参加出来ずその生徒の対応をする会になってしまっても良いのか？というのが悩みです。正直この問題は彼女だけが悪いのではなく、彼女が泣いて騒動が起きた際、私は普段通りに過ごしますが他の生徒はヒソヒソと陰口を話す良くない雰囲気になってしまったことがありそれも懸念点です。そのような雰囲気の会をどうにか避けたいです。

主さん達の年齢や何の学校か不明ですが、謝恩会で先生がいるなら先生にも対応してもらっては？その生徒と先生のつながり(クラス担任、ゼミ担任等)の濃さにもよりますが。