長いですがきいてください。

そもそも主さんはCさんが使っている濃い目のペンは持っているのですか？
その濃い目のペンはCさんの自前のペンなのか、記入する物の近くにあるペン立ての中に濃い目のペンも主さんが使用している薄めのペンも入っていて、主さんは薄めのペンを使用し、Cさんは濃い目のペンを使用しているのか、
もし、会社の備品で同じペン立ての中からなら、間違っているとは思えませんが、百歩譲ってその可能性はあるかも？と言う感じですよね、、
でも二人とも自前のペンでの記入、たまは自席にあるペン立てのペンを持って書き込んでいるとかなら、間違いようが無さそうだから主さんが間違っているとは言いがたいですよね。

上司はかなりいい加減ですが、翌月に辻褄合わせているから、一年通してみれば問題ないと考えての事なのでしょうかね、、
税金面のこととか詳しくないので、私なら今回みたいな事があったら困るので対策として、勤務表を作ります。提案してつくっていいですか？って。
信用にかけますからね。

私も勤務報告書を手書きで書類に記入して提出しているのですが（タイムカードはありますが）、計算するのはパソコンに入力して自動計算とは言え、結局人が入力するので、提出する前に提出する書類はコピーをとってます。
私は今のところに勤めて6年ですが今のところミスはないです。ですが、他の店舗ではミスがあったから気をつけてと言う忠告を受けたことあるので、必ず控えを取っておいてます。