彼のお母さんに嫌われてしまいました。

彼が一人暮らしで、たまにお母さんが遊びに来るならまた違ったんでしょうけどね。
お母さんと一緒に住んでいるんだから、留守中に隠れて入り込むのは悪かったと思います。
彼も主さんのこと話してないのに、そういうことを隠れてしちゃうってことも浅はかだしね。
お母さんがいるときに、遊びに行って菓子折りでも持って挨拶して…という段階をきっちり踏まれていればここまでこじれなかったと思いますよ。
大学生だから、そこまで考えなかったのかもしれませんけど。
落ち着いてから菓子折りを持って謝罪と改めて挨拶に行くのが良いでしょう。