店舗の責任者（店長）なのですが… 頻繁に遅刻を繰り返していて、本部からも注意をうけています。 ですが、いまだに遅刻を繰り返しているにも関わらず、本部にそれが

本部に相談したらいいんじゃないですか？
多分地区責任者が「黙ってろ」と言うのは
自分の監督能力まで本部から追及されるのを怖れているからでしょう。

1日2人で仕事するって言っても
特定されそうなところは省いて話した上で
報復が怖いので私の身元が店長にバレないようにして欲しいって言っとけばいいんじゃないですか。

どうしても怖いようなら、
会社のウェブサイトのお問い合わせフォームから匿名で投書しちゃえば？
特定されない範囲で
会社の人間しか知り得ないこと書いとけばいいんじゃないでしょうか。