先週の月曜日から有給休暇中の女性部下から私への脅迫LINEが続いてます…。 「会社やめろ！」 「二度と顔を見合わせてたくないので私の休暇中に辞表を出せ！

内容を見る限りでは主さんが100%安全に終わらせる方法はないかと。。。
・会社を辞める
・奥さんや会社に晒される
・女性とやり直す
どれかを取ればどれかを失う。
内容通りなら脅している側の心理は簡単です。やり直したい。出来ないなら復讐ですね。

ちなみに他の人たちのコメントが厳しいのは当然です。挙げられている内容が自分のことしか考えていない内容なのに、最後は反省してますってそれは無理がありますよ。
追い込まれて余裕がないのでしょうけど。
脅迫されていることがおかしいと言う発言もしていますが、それなら迷う必要も悩む必要もありません。なんなら彼女にはっきり言ってやればいいです。