就業中のトイレに行ってもおかしくない回数は 私は去年入った新卒社員です。 私の悩みはストレスで腹痛になり、トイレに行きたくなることです。

４回くらい？
でも事情は隠さない方がいいですよ。というか隠しちゃダメですね。
言いにくくてもちゃんと伝えましょう。
診断書を提出することも視野にいれてください。

また、セカンド・オピニオンは受けましたか？
医者は原因不明の症状をストレスにしたがります。
それだけストレスは万病のもとなのでしょうけど、一度詳しく検査した方がいいかと。