彼氏と同棲するに当たって荷物を運んでいたら、キッチンに埃だらけの調理器具等を入れていたので「汚いから拭いてから入れて」と言ったら「汚いとか言われたら気が悪い。仕

本文にも書いたように、目の前に物理的に汚い物があるから汚いという事実を言っただけで侮辱の意味ではなく事実を指摘するために言った言葉です。相手が汚いというのでもありません。物が汚いと物を見ながら言ったんです。
これは相手が上司であっても言うと思います。私が後輩に言われても失礼とは受け取らないです。
彼氏が気分が悪いと反論してきたのは、自分の都合が悪いことを指摘されて何か言い返したくて言ったのかなと思ってます。(それ以外に言い返すネタがなかった？)
「汚い」というワード自体が目上の人に使ってはいけないNGだとは思いません。私の気持ちの問題ではなくあくまで状態の形容なので。