車のミッション載せ替えっていくらぐらい？

ディーラーは、基本的にそういう改造は行わないです。
私も2000ccのグロリアに乗っていて、エンジンが壊れ、どうせならばと、2800ccエンジンへの載せ換えを希望したところ、ウチでは、そういう改造はやらないので、チューニングをやっているショップさんへ行かれた方がいいですよ、と言われました。
「オプション」等のチューニング系の車雑誌の広告に載っているような、チューニングショップへ行かれた方が良いでしょう。
ミッション本体、ブレーキ、クラッチペダル、エンジン側のフライホイール等の交換、追加が必要ですので、中古パーツを効率良く使って20～30万円位ではないでしょうか。陸運局への改造申請も、代行してくれるショップさんが良いと思います。
車検時に併せて行った方が、割安になるかもしれません。
新品パーツを使うと、費用は、更にハネ上がるでしょう。
恐らくR34以前のモデルだと思いますが、もしV35以降のモデルですと、元々ＭＴの仕様がありませんので、大掛かりな改造となり、費用は70～80万円以上かかるかもしれません。