潔癖症で困っているので、みなさんの意見聞かせてください。

こんにちは。

「気にしなくて良い基準」ですが、質問者様の場合はどう言った視点から、回答をお望みなのでしょうか。

逆に言えば、何故そこまで微量の菌を気にされているのでしょうか。

菌によって体調を崩す事を気にされているのであれば、他の回答者様も言われているように、家に帰って手洗いうがい一度済ませれば安全です。
例えしなくとも、風邪等に掛かりやすいくらいで、後は免疫力やその他の体調の問題かと思われます。
全てのモノに当てはめる事が出来ると思いますが、世の中「きれいなモノ」だけでは成り立たないですよ。