結納金でモメています

これはどっちもどっちという話ではないです。
明らかに義母さんのやり方がおかしいし、主さん側のご親族がお怒りになるのはもっともです。

そもそも結納という形式を両家で取られたのは、キチンとしたけじめを重視されたからですよね。
結納の形式と意図を理解していないがごとくの義母さんの態度には、嫁がせる側としては不信感が湧くのは当然で、空箱を贈るなどという愚行には後からのこのこ持って来ても、突き返すくらいの不快感は表されて当然です。

こういうことは遺恨を残しますよ。
義母さん側は水に流せても、主さんのご家族は嫌悪感を拭えないでしょうね。

あとは主さんがご家族を説得できるかどうかですが、そういう無頓着な義母さんは一事が万事なので、私なら破談も視野に入れるかもです。