自然消滅の手段について…(恋人と連絡がとれない)

内容からすると、自然消滅を狙っているとは思いにくいですね。

何か事件や事故に巻き込まれているのでは？

警察に行って事情を説明すれば該当する事件や事故があったかどうか位は教えてくれるので聞いてみてはいかがでしょう？

会社に電話したとのことでしたが、本人を呼び出してはいないのですよね？
それもきちんと呼び出してもらったほうがいいと思いますよ。