学生時代、アルバイトをしていたのですが、そのときに一緒に働いていた後輩についてです。わたしがアルバイトを辞めて就職してからも仲良くて２人で何度もご飯に行

恋愛対象として見られている可能性、十分にあると思います。

このまま特に後輩とは何の進展もなく、主さんに彼氏ができたとして、その彼氏さんがそういう後輩の存在を快く思わない可能性はあります。
なので、確かめる意味もこめて、『この前告白されて、（結婚を前提に）付き合おうかどうか悩んでる・・・』的な相談を逆に持ち掛けてみてはいかがでしょう？
そこで後輩が何も言わないようであれば、本当にただの先輩と思っているかもしれません。

ただ、そういった賭はその後輩を失ってしまう可能性もありますので・・・難しいですね。

主さん的には、その後輩さんとお付き合いすることって考えられるんでしょうか？
もし絶対に考えられないのであれば、そっと突き放してあげるのも優しさかもしれません。