先輩社員が毎日自転車で通うことでバス代(2万円/月くらい)を浮かしていると自慢していました。定期を払い戻していると思われます。普段から非常識な人で周りが迷惑

主さんは何で反対意見が多いか分からないのですか？

不正受給に対して寛大なのではないのですよ。
主さんの行動が陰湿な感じだから、反対派が多いのですよ。

ここで上司の立場の人間が部下に申請した通りに通勤してもらいたい、と言った相談なら少しは違うのではないですか？

つまり、主さんが仕事を頑張って会社に認められて、出世しその先輩の上司になった時に直接言ったほうがみんなの反応は少しは変わると思います。
いわば、総務？の方も同じ印象を受け、ありがとうを言いますが、困った顔をするでしょう。
熱血漢なら別ですが。

ちなみに規則違反ですが、懲戒処分の対象ですか？
ただ、規則だから。ではなく、なぜ申請した通りにするべき必要があるかを持っておく必要があります。
私が知っている部分だと、通勤途中の事故に対して、労災が下りなくなります。

もし、先輩に正して欲しいなら、まず先輩の上司に相談した方がいいですよ。
最悪、先輩の上司が、監督不行届で会社から注意だけにされる可能性もありますよ。

先輩をギャフン(死語？)と言わせたいなら、努力の方向を変えてみてください。