中学生の息子のことです。息子には同い年の彼女がいて、今その彼女は不登校状態です。息子は毎日登校前と放課後に彼女の家に行ってました。だんだんと帰宅の時間が遅くなる

彼女が不登校状態だと、距離を置くのは厳しいかと思います。
これは、不登校の問題ともいえますし、学校に相談されてはどうでしょう。
塾や習い事の時間に遅れている事、向こうの家庭が息子さんに依存しすぎてる事などを話されて、向こうの父親と間接的に注意をしてもらったも良いと思います。
主さんがクレームとかを出しているとかじゃなくて、他の生徒に頼りすぎて、負担をかけすぎている事について上手く先生から話してもらってはどうでしょうか。