家族と一緒にいたくありません。 僕はいま中学２年生です。もう父親と一緒にいたくありません。僕の父は僕が3歳の時母親への暴力が原因で離婚しました。僕の小さい

とりあえず学校に相談して、学校から行政に働きかけてもらってお母様を見つけてもらってはどうでしょうか？お母様に連絡がついて引き取りたいと言ってくだされば、主さんの意見が尊重されると思いますよ。
ついでに、担任の先生に虐待されてる証拠を残すためにレコーダーを貸して欲しいこと、殴られたりした場合、写真などを撮ってもらって証拠として残すことなどをお願いしてみては？
父親に親権があっても、主さんの年なら主さんの意見や主調はしっかり聞いてもらえると思うし、虐待の証拠があれば、親と言えど刑事罰問えると思うよ。