ちょっと言葉が悪くなってしまうかもしれないことをご了承ください。 私は吹奏楽部で副部長を努めさせてもらい、トランペットパートに所属しているものです。

そもそもあなたは勘違いをしている。

「意見が対立する」ということは
「喧嘩をする」「相手の人格を否定する」ということではない。
ただ、あなただけではなく部長もYも皆そこを勘違いしているのかも知れないけど。
だから恐怖を覚えるべきではない。

あなたのすべきことは、
Yが何を言いたいのかをちゃんと把握すること。
受け入れる部分があれば受け入れること。
Yの意見とYの人格とを切り離して考えること。
その上で、Yが不満を言うだけ言って実行しないのならば
そこは指摘し、本人含めて具体的に改善するように持っていくこと。
Yの意見で納得できないことがあるのならば、
そこは恐怖に負けず、はっきりおかしいと言うこと。
ただ、おかしいのは「Yの意見」であって「Yそのもの」ではないことを
1000パーセント肝に刻むこと。

そこまでは責任を持ってやること。

そして、それとは別に、
Yの態度が悪いのならばそこは指摘し、改めさせること。
改めないのならば部活から除名すること。
何より、あなたも部長も、ちゃんと逃げずに部活に出ること。
それは恐怖に負けてはいけない。