仕事場でレジミスをしてしまい、店側がお安く商品を打ってしまい、自分もお客様もも気がつきましたが、お客様がお急ぎのだったので残りの代金は結構ですと勝手に自己判断し

昔、スーパーの洋品部門でアルバイトしていました。

法律的なことはよく知りませんが、間違って安く売ってしまったとしても、まあ怒られるでしょうが上司に報告して売価変更の伝票を書かなければならないのでは？
善悪はどうあれ、形としてはそれで済む筈です。

また、自分が客側の話ですが。
陳列されている商品のPOPの金額を見て、商品をレジに持って行ったらPOP表示金額より高くて、それを店員に告げたら店側のPOPが間違っていることが判明。でも、店は『私どものミスですから』と安い方の金額でレジを売ってくれました。（因みに商品は枕）

この場合も、上記と事務処理的には一緒だと思うんですが。

まずは、上に報告ではないですか。
本当は安い商品を、客に勝手に高い金額で提示して差額を懐に入れたら確実に犯罪ですが、そうではないですから怒られる程度で済む話だと思いますが…。