私が働いているバイトなんですが、6時間を超えること(といっても数十分)が分かっても休憩をさせてくれません(国は6時間以上8時間未満働く場合、45分の休憩がいると

どっかに言えば誰かがなんとかしてくれるとかないよ。
自分で店長に話してなんとかしてもらうか、それか嫌ならやめるかのどっちか。
そのままいるのか、やめるのか、それは主さんが好きにできる主さんの選択。
そこは学校じゃないし先生みたいな人はいないので自分でどうするか決める様にされるのがいいですよ。
自分で自分が働きやすい様に相手と話し接していくのがいいと思います。それがうまくできないならやめたらいいですし。

ただ聞いてると…數十分という話しなので…
あなたの方はどうやっても「時間ぴったり」に終わりたいという話で、店長の方は”キリが良い所までは”と考えてるその些少な小さな違いの部分の細かい考え方の部分の違いじゃないかとも思いますので、その場合は普通に店長とよく話したら良いのではと思います。
それがどうしても嫌なら、その事を店長に言ってそれならやめますけどという事も言って良いでしょうし。もちろんやめても良いのならですが。